Dlouhodobá pozorování geofyzikálních polí tvoří jeden z pilířů činnosti Geofyzikálního ústavu. Registrujeme zemětřesení a další seismické jevy na území České republiky i ve světě, provádíme měření teplot, gravitačního zrychlení,náklonů povrchu a elektromagnetického pole Země. Naměřené údaje slouží k výzkumu stavby naší planety a procesů, které v ní probíhají. Data jsou dostupná na portálu infrastrukturního projektu CzechGeo/EPOS, který je podporovaný Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy ČR.
Česká regionální seismická síť registruje zemětřesení v České republice i ve světě. Skládá se z dvaceti širokopásmových stanic na území České republiky. Data jsou nepřetržitě přenášena do datového centra v GFÚ.  Seismická služba vytváří katalogy zemětřesení v ČR a ve střední Evropě a bulletiny čtení seismických stanic. Digitální data jsou poskytována mezinárodním datovým centrům a slouží mj. k rychlé lokalizaci významných zemětřesení na celém světě.
Lokální seismická síť WEBNET monitoruje seismickou aktivitu v aktivní oblasti západních Čech, kde se vyskytují zemětřesné roje, teplé i studené minerální prameny, a četné výrony CO2 (např. lokalita Soos). To vše souvisí v doznívající sopečnou činností, kterou představují vyhaslé čtvrtohorní vulkány Komorní hůrka a Železná hůrka. Hustou síť seismických stanic provozuje Geofyzikální ústav ve spolupráci s ÚSMH AV ČR.
Lokální seismická síť REYKJANET je rozmístěna na poloostrově Reykjanes v jihozápadním cípu Islandu. V této oblasti blízko atlantického středooceánského hřbetu se vyskytují jak klasická zemětřesení, tak rojová zemětřesení podobně jako v západních Čechách. Stanice sítě REYKJANET registrují na paměťové karty a data jsou několikrát za rok při návštěvě stažena a odeslána do GFÚ ke zpracování. Síť patnácti seismických stanic provozuje Geofyzikální ústav ve spolupráci s Ústavem struktury a mechaniky hornin AV ČR.
MOBNET je sada mobilních seismických stanic instalovaných v tektonicky zajímavých oblastech na omezenou dobu v rámci mezinárodních výzkumných projektů. MOBNET vznikl v r. 1988 a v současné době se skládá ze 65 mobilních stanic. Polovina seismometrů jsou krátkoperiodické instrumenty Lennartz, ostatní jsou širokopásmově sensory  Streckeisen a Guralp. Datový systém GAIA pracuje převážně v offline režimu, denně hlásí stav stanice pomocí sms zpráv. Online přenos dat je také možný.Stanice MOBNET byly používány  v pasivních seismických projektech RETREAT, LAPNET, PASSEQ, MOSAIC, BOHEMA, AlpArray.
Geotermální síť GeoCLIMANET je tvořena třemi stanicemi v České republice (Praha, Kocelovice, Svojšice) a po jedné stanici v Portugalsku (Evora-Caravelinha) a Slovinsku (Malence). Na všech stanicích se monitoruje teplota vzduchu a teploty půdy v různých hloubkových úrovních mezi povrchem a hloubkou 1 m. S výjimkou Svojšic se měří i teplota skalního podloží do hloubky 40 až 190 m. Naměřená data jsou využívána ke studiu vazby mezi teplotou vzduchu a půdy a přenosu tepla mezi povrchem a skalním podložím v různých klimatických, půdních a environmentálních podmínkách.
Národní geomagnetická observatoř Budkov se nachází na Prachaticku v jižních Čechách. Od roku 1996 observatoř splňuje nejvyšší mezinárodní standarty a je certifikovanou observatoří mezinárodní sítě INTERMAGNET. Observatoř je vybavena dvěma digitálními variometry s tříosým feromagnetickým fluxgate čidlem a variometrem typu Bobrov. Data jsou předávána do Geomagnetického informačního uzlu v Edinburghu. Variační měření je každý týden doplňováno absolutním měřením geomagnetického pole pomocí nemagnetického theodolitu CARL – ZEISS s jednoosým feromagnetickým čidlem BARTINGTON.

Slapové observatoře GFÚ je síť tří stanic na registraci slapových dat, která byla založena v roce 1952. Stanice se nachází v Příbrami, Římově, Kašperských Horách, Lazci, Jezeří a o ve Skalné. Stanice Lazec je součást světové sítě slapových stanic. Registrovaná data z observatoří poskytují údaje o časových změnách zemského gravitačního pole a o deformacích zemského tělesa vlivem silového působení Měsíce, Slunce a planet. Data rovněž zachycují účinky dalších geologických procesů, jako jsou zemětřesení, pohyb podzemní vody, apod.